Какие могут быть проблемы при вкл/откл UART в ATmega128?

А это эависит что у теба в конфигурационном регистре для порта твариться ибо при отключении UART выставляется на выводе тот режим что в конфигурации порта стоит. Может вообще из выхода входом стать.

Ув Дон Амброзио! Ненавязчивый совет - ссылочки на этот сайт никогда здесь не употреблять. Форум - немодерируемый, но за этот сайт забанят с радостью и по всеобщему согласию. Причины объяснять долго, просто не нужно нарываться на неприятности.