Узкополосная ЧМ
Очень странно. А частотомер рабочий? Вы его проверяли на других генераторах на этой частоте? Измеряет нормально? Сигнал подаете на "канал А"? Аттенюатор стоит в положении "1:1"? Ручку "уровень" крутили? Переключатель "50 Ом - 1МОм" в положении "1МОм"? Может у него с чувствительностью что-то не так?
Если с частотомером все в порядке, остается подозревать, что сигнал с гетеродина очень слабый, и померять "впрямую" не судьба, но это как-то маловероятно, Ч3-63 все-таки достаточно чувствительный. Я именно этим частотомером неоднократно измерял гетеродины, правда конкретно с ТА2003 не работал. Имел дело с аналогичными микросхемами. В принципе все они очень похожи.
А станции ловятся в процессе измерения? Значит гетеродин работает с подключенным частотомером? Если так, то увеличивайте связь частотомера с гетеродином. Увеличивайте емкость связи или количество витков катушки связи. Или уменьшайте расстояние между катушкой связи и катушкой гетеродина. Вплоть до полного срыва генерации (станции перестанут приниматься). Если уж и при сильной связи, но с еще работающим гетеродином, частотомер будет показывать "0", то все-таки причину ищите в самом частотомере. Или в кабеле частотомера. 
Еще, если уж все вышеперечисленное будет проверено, попробуйте частотомер через емкость связи подключать не к 13 ноге микросхемы, а непосредственно к контуру гетеродина, т. е. между контуром и конденсатором, подсоединенным к 13 ноге.
L.M Ericsson: При поднесении шупа к катушке гетеродина он показывает 182 мгц но при подключении к выходу генертора показывает 46 мгц.
Это вы про что? Про гетеродин или радиомаяк?
Цифры точные? 182/46=3.956... Похоже на 4-ую гармонику. Уточните цифры. Если будет ровно 4, значит оно. Правда при подключении частотомера частота будет немного уплывать, так что учитывайте это.
Действительно, частотомер может показывать и основную частоту и гармоники, если они плохо отфильтрованы. Здесь, как карты лягут. Если такое дело имеет место быть, надо принять дополнительные меры. Покрутите ручку "уровень" частотомера, понажимайте кнопку "полоса", пощелкайте "50 Ом - 1 МОм", в крайнем случае на вход частотомера надо поставить дополнительные фильтрующие цепи (например последовательный или параллельный контур, в зависимости от входного сопротивления частотомера). Если съем индуктивный, можно последовательно с катушкой связи поставить конденсатор, настроив этот контур приблизительно в резонанс с ожидаемой частотой ( в режиме частотомера "50 Ом"). Ну и т. д. Как говорится, голь на выдумки хитра.
А вообще то, для того, чтобы увидеть все частоты, вырабатываемые генератором (и основную и гармоники и их уровень) приятнее всего пользоваться спектроанализатором. Для меня это прибор №1. Но, к сожалению, далеко не всякому радиолюбителю он доступен, хотя бы по цене. Ну, еще можно волномер самому сделать. Правда чтобы проградуировать его тоже потребуются приборы (правда одноразово).
Ну L.M Ericsson, я же вам ответил в общих чертах. На ваш вопрос, в принципе нет однозначного ответа. Может и основную, может и высшую гармонику показывать. В частотомере нет селективных цепей! Ему ж до лампочки, какая гармоника в сложившейся ситуации больше, ту и показывает. Все зависит от вашей схемы и сообразительности. Уж раз вы впряглись в это дело, и у вас больше нет других приборов, смотрите, сопоставляйте факты, анализируйте, делайте выводы.
Вот чего частотомер никогда не покажет, так это субгармоники.
Еще добавлю. Даже если вы подадите на вход частотомера абсолютно спектрально чистый гармонический сигнал, но с большой амплитудой он все равно может показать вам гармонику. Это происходит из-за того, что во входных каскадах частотомера сигнал ограничивается и обогащается гармониками. Так что, делайте выводы. Все не так однозначно, как кажется на первый взгляд. На то и опыт. Накопите его, будете чувствовать себя как рыба в воде. На первых порах больше анализируйте свои результаты.
L.M Ericsson: Интересно верньер поможет?
Не поможет! 
Если конечно у вас не электронная настройка и вы не отнесете орган управления на достаточное расстояние от гетеродина. Хотя конечно, если ваш верньер будет иметь такую конструкцию, которая позволит производить настройку рукой на достаточном удалении от гетеродина, то да. Но это не принципиальное решение задачи, а косвенное.
При плохом приемнике может даже происходить расстройка гетеродина при поднесении руки к антенне.
Механизм явления прост - меняются реактивные параметры контура гетеродина.
Средства борьбы:
- электронная настройка (варикапы)
- оптимизация конструкции (короткие проводники, хорошая земляная металлизация на двухсторонней плате, блокировочные конденсаторы по кратчайшему расстоянию)
- экранировка контура гетеродина, экранировка всего гетеродина, слабая связь с гетеродином, буферирование гетеродина
- уменьшение характеристических сопротивлений контура гетеродина и остальных цепей связи гетеродина со смесителем
- применение АПЧ !!!
- применение синтезатора
- не совать руку
В вашем конкретном случае может быть даже отказаться от внутреннего гетеродина микросхемы, а сделать его внешним с качественной разводкой топологии п/п. Транзистор гетеродина в составе микросхемы использовать как буфер. Хотя для данной микросхемы это плохо, т. к. у нее внутри стоят конденсаторы цепи обратной связи и может образовываться паразитная емкостная трехточка. Вы выбрали не лучшую микросхему. Используйте другую микросхему. Их, похожих и гораздо лучших, вагон.