Как поймать окно, всплывающее при загрузке компа?

>> отлавливать такие месседжи и просто закрывать их "в зародыше"...

AutoIT (реально) в помощь:
http://www.cyberforum.ru/autoit/

в каждой програме с самообновой есть резидентный модуль шпион он мониторит систему и сеть на предмет если версия свежее и как толко так сразу
удалив из автозагрукзки эти резиденты-которые и память жрут и проц откусывают
вы избавитесь от месаг но скайп ...тут сложне он так интегрируется в систему что ...
видно что ребятки от тбила попотели
просто выгружайте все его модули когда не нужен -примероно договаривайтесь о связи
и грузите по мере надобности-обновление предложеное при загрузке его-отклонять