Режим ISP - ноги... Ноги? Ноги!?

Вот тут читал про тежим ISP и возник вопрос: под него используются (например, на меге8) ноги
порта В (ну, там, моси и мисо всякие). А можно ли эти ноги использовать для личного, так
сказать, пользования в программе, настроив их на вход или выход? И если да, то надо ли
что-то еще специально в программе указывать?

С другой стороны, режим ИСП вроде бы не должен зависеть от программы и программирование
по этому интерфейсу происходит когда МК в "пассивном" состоянии (выключен).

То есть, получается, можно?

Да. Без проблем.

Можно, но с оговорками. Если, например, у тебя нога SCK управляет мощной нагрузкой, то при программировании эта нагрузка будет дёргаться. Это не очень хорошо.
А если эта нога - вход, и в исходном состоянии притянута чем-то к нулю, то не запрограммируется, ибо программатор не пересилит. Выход - ставить резистор.

посмотрите апноут AVR040 или AVR042

Вот спасибо, вроде бы прояснилось с этим.