А есть ли программаторы, не стирающие автоматом чип перед записью?

Чтоб можно было дописывать куски FLASH впоследствие не удаляя того, что было записано ранее

да
обычно это опции программы-прошивалки. Мои MPLAB ICD2 и JTAG от TMSa это вполне умеют.

bootloader