Как измерить ток в импульсном БП ?

Для питания измерительной схемы сделать отдельный маломощный источник.
Возможно даже плавающий.

Rail-to-rail ОУ не дешевле выйдет использовать? Да и точнее будет.

Да, скорее всего будет и дешевле и оптимальнее.
По крайней мере я не вижу, как можно сделать для транзисторного варианта "отдельный маломощный источник. Возможно даже плавающий".

Но с Rail-to-rail ОУ тоже не всё просто.

В первых, они дороже обычных, а во вторых, нужно что бы он был ещё и прецизионным, что что ещё больше увеличивает его стоимость. Да и напряжение питания у них, как правило мало.